第三层：饥饿地狱
此层关押的基本是悬赏超过5000W的凶恶罪犯，但由下层灼热地狱冒上来的热气使得本层奇热无比，再加上绝水绝食的折磨，犯人们都已经是半死不活的状态。
第四层：灼热地狱
大监狱狱长麦哲伦的办公室就在本层，此外还有厨房和粮仓，整层气温非常高，正如一个巨大的铁锅，全是滚沸的血池和火海，三层到四层可以从中间的排气口直接跃入，但是如果落脚点不对就不是烫伤那么简单了。囚犯在入狱前要在此层被灼热来消毒。
第五层：极寒地狱
此层囚禁的都是过亿的悬赏海贼，关在此楼层的囚犯身处在比大冰库还低温的环境内，身体严重冻伤直到死亡，极寒地狱的森林里还饲养了大量的“军狼”，比第二层体型巨大的猛兽还要凶暴。值得一提的是，这层由于气温过低因此没有安装任何电话虫。
第五点五层：新人妖乐园
由革命军四大军长之一的莫里用推推果实能力创造的一个楼层。这里是大监狱的下水道进入后，穿越“不可能存在的路”才能到达的犯人们的秘密乐园（5.5区），有许多不为人知的入口如第一层的针山、第二层的猛兽巢穴、第四层的火海、第五层的死人堆....许多迷路的犯人通过这些入口偶然进到乐园，而外面传言的让许多犯人神秘消失的“魔鬼邀请”不过是个幌子。前任女王是安布里奥·伊万科夫，新女王为冯·克雷。而且里面坐落着小萨蒂的房间这一层的犯人经常被小萨蒂鞭打以让其提升实力和获得振奋，就连两任女王伊万科夫和冯克雷也不例外。
第六层：无限地狱
进去的都是些了不得的人，里面不是死刑犯就是终身监禁。根据小丑巴基和人妖王所说，所关的罪犯为过于凶恶而从历史中抹消的怪物海贼，在这层的犯人都是近传说级的人物，下场不是死刑就是终身监禁，由于在这层的犯人作恶多端，作出一些超出残酷程度的事件被政府掩盖，连报纸上也刻意隐瞒。
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