火影世界，第三次忍界大战，雾忍村与木叶忍村的一处战场。
血，全部都是血，阴冷地面上的鲜血已经流成了一条小河，而自己就躺在这一条鲜血融汇的河流之中。外部的衣衫、内部的肌肤、乃至抬起来的双手都沾满了血腥。突兀，超越神经承受极限的痛楚从灵魂深处涌现：“啊！！！”
在外人看来，刚刚从血泊中爬起的银发少年，发出了野兽般歇斯底里的怒吼，便再度重重摔倒在血泊之中：是生命不能承受之痛？是因为无法接受自己杀死挚友的事实…然而并没有人知道，究竟发生了什么。
来人了，而且是不在少数：“在这里！”
有掌心散发蓝绿色光芒的女性忍者，准备对昏迷不醒的少年进行医治。只是少年体表突然浮现“噼里啪啦”的好一阵金色电流强光，惊得医疗女忍者连连后退：“这是？”
…
一个活着，但是早已死去；一个死去，却是最终重活。不知过了多久，终于接融合了少年的全部，包括身体、包括记忆。从某种意义上来讲，男子再度的复活不假，但他与之前的两段人生已然再无瓜葛：“我，就是旗木卡卡西：金色闪光波风水门的弟子、木叶白牙旗木朔茂之子，旗木家族最后的男人！”
当有了这种明悟之后，卡卡西终是从沉睡中醒来…这里，原来是火影忍者的世界么？
木叶四十七年，第三次忍界大战已经到了最后的尾声阶段。最强大的火之国木叶忍村几乎以一己之力直面忍界其它四大忍村的挑战：
风之国的砂忍村，因为三代目风影的失踪，砂忍村面临内乱局面，急需要一场战争来释放忍村积蓄日久的仇恨。也就是这个时间，野心勃勃的土之国岩忍村发出了合作的信号。于是，风之国悍然入侵火之国边境区域，在火之国边境桔梗山发生战争。结果：风之国战败，被俘无算！
土之国的岩忍村，第三次忍界大战的绝对主力。木叶白牙不光彩自杀身死、木叶三忍或出走或退居二线。此刻，能够力挽战争于狂澜的唯有被冠上金色闪光称号波风水门一人而已。而波风水门也没有让世人失望，第三次忍界大战的战争第一法则：如碰上金色闪光，可自行放弃任务，不受处罚！
波风水门牵扯了土之国绝大部分的主力，旗木卡卡西小队负责突袭岩忍村的后方补给要道神无毗桥。神无毗桥一役，水门班失去了宇智波带土这个重要成员；神无毗一役，木叶多了俩个写轮眼英雄：死去的宇智波带土、活着的旗木卡卡西。
雷之国的云忍村，第三次忍界大战唯一损失掉本国影的忍村。第三代雷影，号称历代雷影最强，拥有最强之矛、最强之盾。土之国寻求打开木叶这个缺口不成，立即转而偷袭云忍村，这是一场遭遇战：以上万忍者的性命，只为用绝对的数量来堆死一人，他就是云忍村第三代雷影。
云忍村算盘打得很好，以第三代雷影坐镇与土之国边境。在木叶与砂忍村、岩忍村接连大战过后，派出雷影之子以及八尾人柱力比两大影级战力，欲要一口吃成一个胖子。最终：前线，云忍村的AB组合碰上了木叶的金色闪光，止步不前；后方，云忍村被岩忍村突袭，三代目雷影为掩护队友大战三天三夜，力竭而死！
这个时候，唯一没有彻底参战的五大忍村，就只剩下一个施行锁国外交策略的雾忍村。木叶，从忍村初立，就是屹立于整个忍界的最强忍村：最优的环境、最好的资源、最强的忍者。如今的木叶，看起来是四十七年以来最风雨飘摇之时，雾忍村怎么可能不蠢蠢欲动。
于是，旗木卡卡西所经历人生最惨烈的一幕发生了，他亲手杀死了自己的同伴，琳：那个总是牵着自己与带土两个人，那个什么时候都一脸笑容的明丽少女。
一如木叶拥有最强尾兽九尾，云忍村拥有八尾、二尾，砂忍村拥有一尾，岩忍村拥有四尾、五尾，而雾忍村则是拥有三尾、六尾。此时木叶有如日中天的飞雷神金色闪光，砂忍村、岩忍村、云忍村已经用自己失败，证明了一件事儿，那就是正面战争不可能打赢有波风水门出现的战役。除非，除非以木叶的忍者来进攻木叶…
琳，作为波风水门的弟子，被雾忍村选为了进攻木叶的最好棋子。雾忍村不惜将本村的三尾封印在琳的体内，设置好一个陷阱等待木叶的忍者来上钩：卡卡西来了，为救琳而来，这一切都在雾忍村的预料之内。雾忍村的大批忍者明明可以在一瞬间就淹没卡卡西与琳的身影，但他们却偏偏不急不缓、似乎有意驱赶卡卡西两人向着木叶方向进发。
琳，是清醒地，她清楚的知道雾忍村对自己做了什么。然而被下了咒印的她，不可以告诉卡卡西事实，也不可以选择自我了断。眼看火之国边境越来越近，琳作出了自己的选择，她愿意死在卡卡西的千鸟之下，这也是少女最后一次的笑颜，且一如往昔：“卡卡西…”
…
就这样，水门班名存实亡。宇智波带土，身陨于神无毗一役；而琳，则是死在雾忍村的阴谋之下。而作为水门班的最后一个成员，旗木卡卡西，本质上也不再是那么纯粹。新生之后的旗木卡卡西，出院了。一睡就是三天，但他的身体状态却是前所未有的好，连最经验丰富的医疗忍者都找不出任何的问题。
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